В соответствии с Приказом Минприроды России от 09.01.2017 № 3 "Об утверждении Порядка представления декларации о плате за негативное воздействие на окружающую среду и ее формы" п. 5 "Декларация о плате представляется лицами, обязанными вносить плату, посредством информационно-телекоммуникационных сетей, в том числе сети "Интернет", в форме электронного документа, подписанного электронной подписью....
В случае отсутствия у лица, обязанного вносить плату, электронной подписи, декларация о плате за 2016 год представляется на бумажном носителе.
При годовом размере платы за предыдущий отчетный период равном или менее 25 тысяч рублей лица, обязанные вносить плату, вправе представлять декларацию о плате на бумажном носителе в одном экземпляре с обязательным представлением копии на электронном носителе...
п. 6. В случае отсутствия у лица, обязанного вносить плату, технической возможности подключения к информационно-телекоммуникационной сети "Интернет" декларация о плате представляется на бумажном носителе."
Вот все основания для подачи декларации только на бумажном носителе, т.е. без ЭЦП и портала.